Furono i nomadi cinesi 3000 anni fa a mettere per primi delle piante in vaso, probabilmente per avere sempre con loro le piante officinali. L'origine è certa, ma la motivazione è dubbia, anche se l'unica accettabile per noi occidentali.

Si sa di certo che nel 200 A.C. giardinieri cinesi componevano paesaggi in vaso con piante, rocce e figure. il primo documento grafico, trovato nella tomba di un figlio dell'imperatore, risale al 600 D.C. e raffigura valletti che portano due piccole piante in miniatura.

Si può pensare quindi che il bonsai non ha solo patente di nobiltà, ma anche signficato esoterico.

Nel VI secolo venne introdotto in Giappone da monaci buddisti, come attività religiosa. La coltivazione di queste piante divenne pratica esclusiva dei nobili, in essa si riunivano l'ideologia del vecchio Shintoismo, che ritiene l'albero sede di divinità, e la nuova ideologia Zen, che ricerca nella meditazione e nella contemplazione della natura la strada per la verità.

Nel XVII secolo un severo autoritarismo sovrano, seguito di guerre civili, vietava la pratica soprattutto la costruzione di giardini di una certa entità.

La frequenza delle citazioni e l'iconografia successive a questo periodo ci fanno pensare che il bonsai abbia avuto uno sviluppo notevole, anche fra le classi meno agiate.

Il bonsai era il dono d'obbligo dei dignitari all'imperatore, ciò indica che oltre la rarità, c'era qualche cosa di particolare nascosto in questa pianta.

Questo valore si conferma anche nell'età moderna del Giappone.

Si moltiplicano gli stili, nascono il due tronchi, l'infoltito, l'eretto informale, paragonabile in musica all'andante con brio, e tanti altri ancora.

In termini occientali si può parlare di successo tecnico e naturalmente commerciale del bonsai, che approdò per la prima volta in Europa nel 1889, all'esposizione internazionale di Parigi, dove il sig. Kashawata di Tokio espose le sue piante in vaso al Trocadero.